Hola Adrián! ¿Has revisado los logs justo después de esa lentitud a ver si dan alguna pista de qué puede pasar?
¿Tendrías la posibilidad de abrir una ventana ejecutando el comando top mientras accedes al Nautilus a ver qué proceso es el que se queda atascado?
También sería bueno que pusieras aquí el resultado de este comando, para saber qué hardware tienes y si alguna pieza puede ser “problemática”:
inxi -v7azy