Zum Thema Cover:
Das müsste unter Compression options > ID3 Tag einstellbar sein. Ich habe dort nur bei “Write cover image into extraction folder” ein Häckchen.
Wenn ich richtig lese, gibt’s bei flac eine Begrenzung von 16 MB pro Bild, wenn man das direkt in die Metadaten schreibt. Bei mp3 muss das glaube ich nicht in jedem Fall gleich sein.