Есть ли разница, куда монтировать диски?

[Ros]

По старинке с Убунты монтирую в /media, может, куда-то ещё лучше монтировать, в /run, есть ли разница?

[LordTermor]

нет, разницы нет по большому счету

[eugen-b]

Ну только не монтируйте на папки, которые содержут нужные файлы. А то их не будет видно.