He seguido los pasos que hay en esta página: Reparar partición EFI borrada
Al iniciar, arrancó Manjaro con normalidad. Abrí una consola y terminé la reparación con sudo os-prober y sudo update-grub. Ya detecta el Windows10, al grub no le ha pasado nada y todo está funcionando bien.
Gracias por la ayuda. Dejo el link por si alguien llegara a tener el mismo problema.