Timeshift, btrfs-assistant + removed from 'extra' Repository? (Pamac GUI)

When I just ran “update database” on Pamac GUI I found it offering these updates from AUR (I have AUR enabled for a few applications and fonts I use, free42 e.g.):

btrfs-assistant 1.8-1 → 1.8-2
ckbcomp 1.215-1 → 1.221-1
menulibre 2.2.3-5 → 1:2.2.3-2
thunarx-python 0.5.2-4 → 1:0.5.2-2
timeshift 23.06.2-1 ->23.07.1-1
v86d 0.1.10-6 → 0.1.10-12
xcursor-breeze 5.27.6-1 → 1:5.27.6-1

On my backup system (databases not yet refreshed) I found all these applications originating from Official Repositoriy ‘extra’. What happened? What am I supposed to do?

Recently I learned that installing through AUR may require running on ‘testing’ branch. Thus, not unexpectedly, building those updates greatly failed.

Now I might add these applications to the ignore-updates list, I might uninstall them (although I’d really prefer to keep Timeshift), I might disable AUR (and set up another installation on ‘testing’ to build what I need …), or I might download the recent install media, do a fresh install and stick to the Official repositories on it - just to see what will happen. Honestly, I feel seriously confused, and I’d highly appreciate any helping advise. Thanks in advance.

Dirk

  • Update: There seem to be many more applications, even pamac-gtk itself (I’m on XFCE), that appear to have lost their origin in official repositories, showing up in pamac GUI under Installed - Alien (? - “Fremde” in german) now.
    I’d guess it’s better to give the maintainers some time to sort this out before checking for updates again? D.

Hi @ddeberhar,

I have quickly checked, and my versions of what I checked isn’t the same as yours, they seem older, in fact:

$ pamac search timeshift
[...]
timeshift                                                                                                                                                                                                                       [Installed] 23.06.2-1  extra
A system restore utility for Linux

$ pamac search ckbcomp
ckbcomp                                                                                                                                                                                                                           [Installed] 1.215-1  extra
Compile a XKB keyboard description to a keymap suitable for loadkeys or kbdcontrol

$ pamac seearch menulibre
[...]
menulibre                                                                                                                                                                                                             2.2.3-5                          extra
An advanced menu editor that provides modern features in a clean, easy-to-use interface.

And those I checked were all in the extra repository, not the AUR. Which makes me think this could be one of 3 reasons:

  1. There was, with this update a big change in the repositories. The community and extra were combined into 1, extra. So obviously the packages’ origin locations changed as well;
  2. Your mirror list and package list (metadata) isn’t up-t-date; and
  3. a combination of #1 & #2.

So, it might be best to update your mirrors:

sudo pacman-mirrors --fasttrack 5

Followed by updating the databases:

pamac upgrade --force-refresh

Note:

Updating the mirror list is a precautionary step only. It refreshes the list in the case there is something amiss somewhere.

Edit:

Forgot to mention this, thanks @andreas85:

1 Like

You may need to check for pacnew-files ( pacman.pacnew ) !

1 Like

Thank you! Forgot to mention that, but yes you should after the upgrade.

Hello Mirdarthos,

which country did you select for finding mirrors? (Germany in my case.) I still get:

$ pamac search timeshift
()
timeshift                                          [Installiert] 23.06.2-1  AUR 
    A system restore utility for Linux

After I (partly) followed your example:

$ sudo pacman-mirrors --fasttrack 5
[sudo] Passwort für (): 
::INFO Downloading mirrors from Manjaro
::INFO => Mirror pool: https://repo.manjaro.org/mirrors.json
::INFO => Mirror status: https://repo.manjaro.org/status.json
::INFO Using custom mirror file
::INFO Querying mirrors - This may take some time
  0.196 Germany        : http://ftp.rz.tu-bs.de/pub/mirror/manjaro.org/repos/
  0.314 Germany        : https://ftp.gwdg.de/pub/linux/manjaro/
  0.173 Germany        : http://ftp.tu-chemnitz.de/pub/linux/manjaro/
  0.302 Germany        : https://ftp.halifax.rwth-aachen.de/manjaro/
  0.220 Germany        : https://mirror.alpix.eu/manjaro/
::INFO Writing mirror list
::Germany         : http://ftp.tu-chemnitz.de/pub/linux/manjaro/stable/$repo/$arch
::Germany         : http://ftp.rz.tu-bs.de/pub/mirror/manjaro.org/repos/stable/$re
::Germany         : https://mirror.alpix.eu/manjaro/stable/$repo/$arch
::Germany         : https://ftp.halifax.rwth-aachen.de/manjaro/stable/$repo/$arch
::Germany         : https://ftp.gwdg.de/pub/linux/manjaro/stable/$repo/$arch
::INFO Mirror list generated and saved to: /etc/pacman.d/mirrorlist
$ pamac upgrade --force-refresh
[graphical pop-up asking for password]
Synchronisiere Paketdatenbanken...
Vorbereitung...
Synchronisiere Paketdatenbanken...
Aktualisierung von core.db...                                                   
Aktualisierung von extra.db...                                                  
Aktualisierung von community.db...                                              
Aktualisierung von multilib.db...                                               
Datenbankdatei für core ist nicht vorhanden.                                    
Datenbankdatei für extra ist nicht vorhanden.
Datenbankdatei für community ist nicht vorhanden.
Datenbankdatei für multilib ist nicht vorhanden.
Aktualisierung von core.files...                                                
Aktualisierung von extra.files...                                               
Aktualisierung von community.files...                                           
Aktualisierung von multilib.files...                                            
Warnung: multilib.files: /var/tmp/pamac/dbs/db.lck fehlt in Sperrdatei          
Aktualisierung von AUR...                                                       
Klone ckbcomp Build-Dateien...                                                  
Generiere ckbcomp Informationen...
Überprüfe ckbcomp Abhängigkeiten...
Klone btrfs-assistant Build-Dateien...
Generiere btrfs-assistant Informationen...
Überprüfe btrfs-assistant Abhängigkeiten...
Klone menulibre Build-Dateien...
Generiere menulibre Informationen...
Überprüfe menulibre Abhängigkeiten...
Klone timeshift Build-Dateien...
Generiere timeshift Informationen...
Überprüfe timeshift Abhängigkeiten...
Klone v86d Build-Dateien...
Generiere v86d Informationen...
Überprüfe v86d Abhängigkeiten...
Klone thunarx-python Build-Dateien...
Generiere thunarx-python Informationen...
Überprüfe thunarx-python Abhängigkeiten...
Klone xcursor-breeze Build-Dateien...
Generiere xcursor-breeze Informationen...
Überprüfe xcursor-breeze Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-modules-webos-git Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-git Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake_tui Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-extras-git Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-remake-git Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-language-server-git Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-afb-template-git Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-lint-git Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-modules-elementary-git Abhängigkeiten...
Überprüfe python-help2man Abhängigkeiten...
Überprüfe help2man-git Abhängigkeiten...
Überprüfe meson-git Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-git Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-panel-sntray Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-lint-git Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-tester-git Abhängigkeiten...
Überprüfe valabind-git Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-panel-genmon Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-panel-git Abhängigkeiten...
Überprüfe valacompiler-git Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-panel-appmenu-registrar-git Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-language-server-git Abhängigkeiten...
Überprüfe vala0.44 Abhängigkeiten...
Überprüfe vala0.54 Abhängigkeiten...
Überprüfe vala0.52 Abhängigkeiten...
Überprüfe cmake-format Abhängigkeiten...
Überprüfe vala-panel Abhängigkeiten...
Überprüfe sntray-plugin-common Abhängigkeiten...
Überprüfe genmon-plugin-common Abhängigkeiten...
Überprüfe rhash-git Abhängigkeiten...
Überprüfe python-sphinx-2 Abhängigkeiten...
Überprüfe python-sphinxcontrib-pdfembed-git Abhängigkeiten...
Überprüfe python-sphinx-math-dollar-git Abhängigkeiten...
Überprüfe python-sphinx-git Abhängigkeiten...
Überprüfe python-sphinx-hawkmoth-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-processing-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-all-the-icons-ivy-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-surround-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-async Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-fill-column-indicator-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-jedi Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-libvterm-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-lucid-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-vlf-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs25-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-libegit2-wbundled-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-nim-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-pdf-tools-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-org-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-lsp-ui-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-dracula-theme-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs29-pgtk-trampolines-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-newlisp-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-ace-window-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-writegood-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-yasnippet-snippets-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-wucuo-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-all-the-icons Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-jabber-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-company-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-all-the-icons-dired-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs27-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-lispyville-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-diminish-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-anzu-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-24bit Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-clojure-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-aggressive-indent-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-with-editor Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-git-noway-widgets Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-font-lock-plus Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-xelb-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-ht-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs29-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-sly-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-goto-chg-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-js2-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-yasnippet-latex-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-flyspell-correct-ivy-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-onedark-theme-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-scala-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-git-aot Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-async-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-smartparens-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-escape-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacsclient-desktop-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-ghub-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-matchit-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-python-environment Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-undo-tree Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-diminish Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-iedit-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-ghub Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-mmm-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-use-package-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-exchange-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-dash-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-haskell-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-pgtk-native-comp-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-multi-term Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-rainbow-delimiters-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-arduino-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-anzu-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-swiper-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-org-bullets-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-monky-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-doom-themes-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-gtk2 Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-guess-style-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-ng Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-surround Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-counsel-projectile-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-evil-org-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-general.el-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-auto-complete-clang-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-magit Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-native-comp-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-xwidgets Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-planner-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-elpy-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-twittering-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-ess-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-smartparens-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-company-irony-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-persp-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-native-comp-git-enhanced Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-j-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-projectile-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-exwm-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-flycheck-pos-tip-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-goby-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-meson-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-idris-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-terraform-mode-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-avy-flycheck-git Abhängigkeiten...
Überprüfe emacs-lsp-mode-git Abhängigkeiten...
^CÜberprüfe emacs-shrink-path-git Abhängigkeiten...

Vorgang abgebrochen.

Is it this - missing databases? (“nicht vorhanden” = “not existing”. Next I’ll try international mirrors…) Are they missing on the mirrors (and I have to wait for them to sync), or do I need to create some prerequisites locally?

There are some .pacnew files - what do I do with them?

/etc/default/grub.pacnew
/etc/pacman.conf.pacnew
/etc/pamac.conf.pacnew

Many Thanks

  • Update: Selected pacman-mirrors Global - no change on pamac upgrade.

That might be it. It might be, probably is, that pamac/pacman is looking for files in a place/repository that doesn’t exist anymore.

And you should merge .pacnew files afrer every update. See:

and

https://wiki.archlinux.org/title/Pacman/Pacnew_and_Pacsave

The short:

The repository changes will be defined in:

/etc/pacman.conf.pacnew

You need to merge that file with the original:

/etc/pacman.conf

…being careful not to overwrite custom changes. If you’re sure there’s no custom changes, you can simply replace the old .conf file with the new .pacnew file. But there are helpers for that also, so that you can inspect it carefully:

https://wiki.archlinux.org/title/Pacman/Pacnew_and_Pacsave#Managing_.pac*_files

Hello Mirdarthos,

comparing all the .pacnew files (in a fresh installation that I had set up meanwhile; then after the update) I found I had to remove the following from pacman.conf:

[community]
SigLevel = PackageRequired
Include = /etc/pacman.d/mirrorlist

(As you mentioned earlier, that community and extra were combinded into one extra.)

Then, perhaps, a new pamac update did the rest(?):

$ sudo pacman -Syyu
()
Pakete (7) firefox-115.0.2-1  firefox-i18n-de-115.0.2-1
           firefox-i18n-en-us-115.0.2-1  libpamac-11.5.7-1
           libpamac-flatpak-plugin-11.5.7-1  libpamac-snap-plugin-11.5.7-1
           mkinitcpio-36-2

Gesamtgröße des Downloads:              67,15 MiB
Gesamtgröße der installierten Pakete:  248,83 MiB
Größendifferenz der Aktualisierung:     -0,25 MiB

:: Installation fortsetzen? [J/n] 
:: Pakete werden empfangen …
 firefox-115.0.2-...    65,2 MiB  6,56 MiB/s 00:10 [######################] 100%
 libpamac-11.5.7-...   861,0 KiB  5,46 MiB/s 00:00 [######################] 100%
 firefox-i18n-de-...   523,4 KiB  5,11 MiB/s 00:00 [######################] 100%
 firefox-i18n-en-...   449,3 KiB  1605 KiB/s 00:00 [######################] 100%
 mkinitcpio-36-2-any    59,1 KiB  1969 KiB/s 00:00 [######################] 100%
 libpamac-flatpak...    33,3 KiB  1235 KiB/s 00:00 [######################] 100%
 libpamac-snap-pl...    30,1 KiB  1157 KiB/s 00:00 [######################] 100%
 Gesamt (7/7)           67,2 MiB  6,27 MiB/s 00:11 [######################] 100%
()

So that my Timeshift e.g. again gets reported correctly as originating from extra:

$ pamac search timeshift
()
timeshift                                        [Installiert] 23.06.2-1  extra 
    A system restore utility for Linux

Additionally I had blocked mkinitcpio to be updated from 34.1-1 to 35.2-2 because the updated mkinitcpio failed to generate initramfs capable of booting from btrfs on external usb media, and since 36-2 was announced a few days ago, I still did not find the time yet to verify whether my issue with mkinitcpio was fixed. (That is on a different system for a different computer; yet I had suspended the mkinitcpio update on all my systems. So that test comes next.)

Many thanks for directing me to check the .pacnew files - for me just using pamac GUI that was not obvious or easy to find.

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