Problema de inicio

Lo que me sucede es que cuando entro al menu de arranque despues de seleccionar la usb booteable, todos mis archivos y aplicaciones se borran, queria saber que puedo hacer

Pues instala el sistema an el disco duro, porque el Live USB siempre vuelve a lo que tiene por defecto. Si quieres un USB persistento, pues siga este tutorio:

o mira el antiguo

También este es valido